食藻蟲控藻是水修復的一種生物治理技術。其原理是首先利用食藻蟲攝食藻類，降低密度，提高水體的透明度，為水下沉水植的生存創造條件，再利用沉水植被為主的水生植物吸收氮磷營養物質，降級富營養化程度，然后逐步引入挺水和浮葉植物、浮游動物、魚蝦類、螺貝類和有益微生物群，通過優化營養結構，構建功能完善的系統增強自身調節能力，鞏固和維護修復后續自凈效果，同時改善美化水下自然景觀。

水體富營養化破壞了水體原有系統的平衡，給環境帶來諸多危害。對受污染的江河、湖泊、水庫水體進行修復，是經濟社會發展以及環境建設的迫切需要。生物修復技術投資少、運行方便、能耗低， 是一條十分合理的水體污染治理路線。在水修復過程中應避免采用單一的修復方法。水生植物修復、微生物修復及水生動物修復并不是相互孤立的，水體中任何生物種類的變化均會影響其他生物種群和數量的改變。因此，多種生物修復技術可以同時采用，或與其他修復技術結合使用，使其取得更好的修復效果。在運用生物修復技術對富營養化水體進行治理的過程中，也要考慮到物種之間的相互影響和安全。

食藻蟲是一種常見的低等咸淡水甲殼浮游動物，生存周期是45d，在世界范圍內分布廣泛。經人工馴化改良后，食藻蟲比天然個體體積大，攝食能力強，適應藻類爆發的水體環境，能將藍藻膠團中濾食性魚類不易消化的膠狀物質消化吸收，成為藍藻的克星。因此，食藻蟲在食藻蟲控藻的水修復技術中處于核心地位，食藻蟲控藻是整個水體修復過程的前提和基礎，至關重要。藻類被食藻蟲攝食后，將藻體有機物質同化，避免了化學藥劑或生物制劑控藻后產生的藻體腐化污染問題。經過食藻蟲控藻后，水體清澈，補償深度加大，為水生植物生長創造了適宜條件。需特別指出的是，食藻蟲的使用不會造成安全問題。因為食藻蟲原種在我國分布廣泛，并不是外來種，不存在生物入侵問題；其次，在修復后期，當水體富營養程度下降導致藍藻無法大量繁殖后，食藻蟲也將因得不到足夠食物難以維持種群增長，生物量必然下降。同時，生物多樣性恢復后，水生昆蟲和一些魚類成為食藻蟲的天敵，能抑制食藻蟲種群。

食藻蟲控藻的方法在水修復技術發展了十余年，在天然水體和景觀水體的修復方面發揮了積極作用。