當抽吸腐蝕性過程氣體時，存在氣體可能破壞泵部件的風險。為了避免這個危險，敏感部件必須用連續的惰性氣體流保護起來。因此，泵體內裝有特殊的進氣系統，憑借該系統，氣體在規定的位置流入泵系統。在渦輪分子泵中，主要是軸承和電機艙需要保護。在電機艙中吸入密封氣體能夠避免侵蝕性氣體與潤滑劑或軸承中的腐蝕敏感成分發生化學反應以及防止灰塵和粒子進入潤滑劑存儲罐、與潤滑劑混合。

使用密封氣體可以保護電機及防止粒子進入和導致軸與緊急軸承接觸，也建議免潤滑的渦輪分子泵使用除軸承密封氣體外，具有過程能力的干式前級泵也具有凈化氣體注入流程泵的各個抽吸階段。過程有關的凈化氣體流量使用校準噴頭上游的壓力調節器或流量調節器（質量流量控制器或 MFC）進行調節，以及通過壓力傳感器和開關進行監控。